Uuden vesiliikennelain vesiliikenteen sääntöjä koskevaa osiota on laajennettu merkittävästi aiemmasta ja pyritty huomioimaan suhde merilakiin.
Yleisperiaate on, että avomerellä ja kauppamerenkulun väylillä noudatetaan meriteiden sääntöjä. Sisäisillä kulkuvesillä meriteiden sääntöjä noudatetaan uudessa vesiliikennelaissa esitetyin poikkeuksin ja lisäyksin. Nämä poikkeukset ja lisäykset perustuvat kumottavaan asetukseen alusten yhteen törmäämisen ehkäisemisestä sisäisillä kulkuvesillä (ns. sisävesisäännöt), joiden sisältö on pääosin siirretty uuteen vesiliikennelakiin. Sisäisillä kulkuvesillä tarkoitetaan järviä, jokia ja kanavia sekä rannikkoaluetta 2 meripenikulmaa sisäisten aluevesien ulkorajan ulkopuolelle.
Vesiliikenteen säännöissä käsitellään yleisesti sääntöjen noudattamista, turvallista kulkua ja nopeutta, yhteentörmäämisen välttämistä, ohittamista, kohtaamista ja väistämistä, ankkurointia sekä mm. valojen, merkkikuvioiden ja ääni-, sekä valomerkkien käyttöä.
Uudessa laissa määritellään myös vesiliikennettä valvovan tai ohjaavan henkilön oikeudet pysäyttää vesikulkuneuvo ja tarkastaa asiakirjoja. Käytettävät pysäytysmerkit on siirretty nykyisestä asetuksesta (asetus alukselle annettavista pysähdysmerkeistä) uuteen vesiliikennelakiin. Näitä ovat kansainväliset pysäytysmerkit sekä erityinen pysäytysmerkkilevy, joka on esitetty laissa ja punainen vilkkuva valo yhdessä sinisen hälytysvalon kanssa.
Vesiliikenteen sääntöihin on liitetty myös kanavaliikennettä koskevia erityissäännöksiä siirtämällä pääosa kumottavan asetuksen kanavien ja avattavien siltojen liikennesäännöstä sisällöstä uuteen lakiin. Esimerkiksi yleinen nopeusrajoitus kanavissa on 9 km/h ellei Traficom toisin määrää. Uutena asiana uiminen kanavissa on kielletty.
Traficom voi antaa tarkempia määräyksiä kanaville ja avattaville silloille saapumisesta ja niillä noudatettavista menettelyistä.